阿里巴巴以合伙人制度上市，[開曼公司上市]早已在市場內引起各方辯論及爭議。集團上市前夕，執行主席馬云的私人投資，再被質疑與集團的投資涉嫌有利益沖突，隨時損害阿里小股東的權益之嫌。
除了此次入股華數傳媒[-0.27% 資金 研報]，令公私投資界線模糊外，早前馬云將私人飛機租給集團，但要由集團承擔維修及油費，并要繳付租金，但飛機卻主要由馬云使用，被批評由公司幫馬云“養飛機”。
同時，集團的招股文件亦披露，馬云有份持股的支付寶，不納入上市架構之內，日后可能引起各式爭議。過去，馬云曾將支付寶，從集團體系中剔出時，引起與股東美國雅虎之間的爭拗，曾被指斥將股東資產私有化，最終雙方以錢解決達成和解，才將風波平息。
阿里巴巴準備于美國招股上市，現任政協副主席的董建華卻被一名北京律師質疑有利益沖突。同時，馬云與集團近期四出投資不同項目，被市場人士指公私不分，小股東權益隨時蒙受損失。
市傳阿里準備在8月份上市，有傳媒引述，北京國聯律師事務所合伙人李賓，昨日表示董氏應辭任阿里獨立董事一職。主因董建華任政協副主席，而令中央政府與私人企業，有潛在的利益沖突。同時，一旦阿里于美國涉及官司，董建華身為獨立董事，要面對法律責任，故建議阿里應在上市前，解決相關問題。
阿里6月時在美國證監會更新招股文件時，[注冊毛里求斯公司]披露由董建華任其中一名獨董，主要看中他于中美商界的人脈，可助集團拓展業務，而阿里發言人不回應有關言論。與此同時，《華爾街日報》指出，阿里與馬云近期頻頻出手收購，有機會損害小股東的利益。
報道指出，馬云與阿里創辦人之一謝世煌，今年4月聯同巨人網絡董事長史玉柱，斥資65.36億元(人民幣，下同)，入股內地數碼媒體公司華數傳媒。不過，阿里同時借予謝世煌借出65.36億元以為交易找數，復合年息8厘年期10年，報道質疑阿里將公司資金借予公司高層作私人投資，有公私分野模糊之嫌，易惹利益沖突。
報道引述市場人士認為，馬云一方面以私人名義投資不同項目，同時阿里亦斥資入股相關項目，令交易過程涉及私人及公司的買賣，透明度不足之余，更對阿里的小股東不公平。雖然阿里解釋入股華數，可助拓展集團的娛樂業務，但沒有解釋為何會引入史玉柱這名第三方人士，隨時引起馬云及其關聯人士，與小股東之間的利益沖突。
