馬耳他主要稅種包括所得稅、增值稅、印花稅、關稅和消費稅。馬耳他擁有良好的稅收效率，使納稅人將其投資的應交稅金保持在最低水平。
馬耳他的企業所得稅主要由《所得稅》(ITA)和《所得稅管理法》(ITMA)來規范。因為擁有完善的退稅制度，成為歐盟區最低稅負的國家之一。

馬耳他稅收制度
1、完全分派制度
馬耳他采用完全分派制度，通過將公司利潤的公司稅完全分派給股東，避免了公司利潤的經濟雙重征稅。這一制度允許股東，對公司在分紅時支付的任何稅款，提出全額退還要求，從而避免了雙重征稅。因此，馬耳他適合作為跨國企業股權治理的注冊地。
2、稅務居民概念
在馬耳他，受征稅企業主要兩種類型：一是在馬耳他成立并且長期存在，實際管理和經營；二是在馬耳他以外成立，但在馬耳他實際管理和經營。前者被視為馬耳他的稅務居民，因此其全球的收入將會按35%的標準稅率來征收。后者，則將會對在馬耳他產生的收入和匯往馬耳他的收入征稅。在這種情況下，未匯往馬耳他的外國來源收入將不會在馬耳他納稅。
3、多賬戶核算
馬耳他的企業需要將其可分配利潤分配到不同的賬戶，包括最終稅賬戶(FTA)、不動產賬戶(IPA)、外國收入賬戶(FIA)、馬耳他征稅賬戶(MTA)和未征稅賬戶(UA)，以優化稅務效益。

注冊馬耳他公司的優勢
在馬耳他注冊公司有很多好處：
1、優惠的稅收制度：馬耳他的全額征稅制度、退稅和參與免稅制度以及稅收協定網絡提供了高效的稅收結構設計機會。
2、戰略位置：馬耳他位于歐盟內部，是歐洲和北非之間的門戶。
3、熟練勞動力：馬耳他擁有一支精通多種語言、受過高等教育的勞動力隊伍。
4、健全的法律框架：受歐盟指令和標準的影響，馬耳他擁有穩定的法律環境。

注冊馬耳他公司所需資料
1、公司名稱（2-3個備用），經營范圍；
2、股東董事的有效證件復印件；
3、股東董事的簡歷，地址證明原件
4、股東董事經由會計師，律師開具的介紹信；
5、股東董事無犯罪記錄證明原件。

馬耳他公司注冊流程
1、選擇公司名稱：第一步是為公司選擇一個獨特的名稱。馬耳他企業注冊處 (MBR) 要求該名稱未被使用或保留，且不具有攻擊性或誤導性。
2、起草組織章程大綱和章程細則：組織章程大綱詳細規定了公司的地位和目標、注冊辦公地址、詳細資料、股東和董事、股本以及每類股份所附帶的權利。公司章程規定了公司的內部運作。
3、股本要求：私營公司的最低股本為1165歐元，其中至少20%必須在注冊時繳足。對于上市公司，這一要求提高到46,588歐元，其中至少25%必須實繳。
4、任命公司官員：私營有限責任公司必須至少有一名董事(公共有限責任公司需要兩名董事)和一名公司秘書。他們的職責是確保公司遵守馬耳他法律并管理日常運營。
5、實際所有人：每家公司都必須提交一份簽名聲明，其中包含公司實際所有人的信息。實際所有人是指最終直接或間接擁有或控制公司25%以上股份或投票權，或以其他方式控制公司管理的任何自然人。
6、馬耳他注冊辦事處：所有公司都必須在馬耳他有注冊地址。注冊地址可由當地律師事務所、會計師事務所或企業服務提供商提供。
7、在MBR注冊：必須向MBR提交上述所有信息和文件。經批準后，MBR將頒發注冊證書和公司編號，標志著公司的正式存在。

雖然馬耳他不像其他一些司法管轄區那樣容易開展業務，但馬耳他可以成為您開展業務的非常具有戰略意義的地方。對于與歐洲市場合作的航空、加密、和亞馬遜賣家來說，這是一個受歡迎的地方。