上海市外資項目審批機構有25個。

（1）投資總額在3000萬美元以下的鼓勵類項目，投資總額在1000萬美元以下的允許類項目，位于市級工業區內的鼓勵類、允許類且投資總額在3000萬美元以下的外商投資項目由各區縣人民政府審批。涉及項目建設環節的審批事項同步下放。按照權責一致的原則，實行誰審批，誰管理，誰負責。

（2）投資總額在3000萬美元以下（不含限制類）注冊在浦東新區、外高橋保稅區、張江高科技園區、金橋出口加工區、上海化學工業區的外商投資項目，由浦東新區人民政府、外高橋保稅區管委會、張江高科技園區領導小組辦公室、金橋出口加工區管委會、上海化學工業區管委會審批。

（3）投資總額低于1億美元的鼓勵類、允許類，低于5000萬美元的限制類的外商投資項目由上海市外國投資工作委員會審批。

（4）投資總額超過 1 億美元以上或國家有專項審批規定的外商投資項目由上海市發展與改革委員會或上海市外國投資工作委員會初審后轉報國家發改委和商務部審批。

（5）不具有政府管理職能但有外資企業管理經驗的漕河涇開發區、閔行開發區及電氣、輕工、紡織、儀電、建材、建工、醫藥、華誼、農工商等市屬大型集團公司，市外資委委托其對管轄范圍內新設立外商投資企業和企業變更進行初審、轉報，為外資委代擬批復稿和保管檔案材料。