進口關稅制度
　　
馬來西亞作為世界貿易組織成員國，關稅水平一般較低。雖然大多數品目的關稅稅率低于25%，但關稅稅率的取值范圍很廣。基本食品的關稅很低，不超過5%。主要貨物的平均稅率約為5%。中間產品和運輸設備的稅率平均低于20%。消費類貨物的稅率更高，有的高達60%。高價機動車輛征收的關稅稅率高于100%。總之，在其總共約600種進口品目中，只有91種的關稅稅率超過50%。馬亞西亞作為建設中的東盟自由貿易區(AFTA)的成員國，其關稅減讓將執行AFTA條例中關于"普遍有效優惠關稅"(CEPT)計劃。馬亞西亞主要的進口產品分三類，第一類是原料、生產資料，包括電子原件、紡織品、塑料、機器零部件、石油、化肥、農藥和食品，共占進口總額的42.6%;第二類是機械設備，包括金屬產品、機械運輸設備、電子儀器、重型機械和電信設備，共占進口總額的34.5%;第三類是日常生活用品，包括摩托車、自行車、珠寶及食品，共占進口總額的21.9%。馬亞西亞進口貨物都要按CIF(到岸價格)值征收5%的附加稅。一些基本貨物如魚、谷類、鹽、石油產品、橡膠、紙和印刷品等是免征附加稅的。對啤酒、酒精和其他飲料，煙、汽油、礦物油和糖、輪胎、紙牌、空調、電池、電視接收機、機動車輛和摩托車、火柴等商品按從價或從量征收消費稅。　

進口管制
　　
1. 進口單證。
　　
(1) 商業發票　用于計征關稅的原始發票要求使用英語填寫并簽署姓名。發票必須包括以下項目：標記、號碼、貨包的數量和種類、詳細的商品名稱，非技術名稱或內部標號代碼、毛重和凈重、FOB、CIF費用和CIF價(如屬于不同的海關稅則項目，還必須將每種商品按CIF價分開注明)、發貨地點和原產地。包裝上的商品說明必須與發票上的一致，發票要一式三份。
　　
(2) 原產地證書　原產地證明書只針對來自聯邦制國家的貨物。
　　
(3) 提單　海運提單不需公證。允許使用指示提單，但要注明一位被通知人地址。
　　
2. 特別規定。
　　
必須用巴哈薩來語在已包裝完畢的貨物標簽上注明有關商品說明、公制重量和原產地的所有詳情，英語只允許以第二種語言使用。所有已包裝的產品必須印有以下說明：生產者、進口商或批發商的姓名、原產地、包裝內容和產品的名稱。食品、藥物、家畜和肉類還必須注明衛生檢疫規定，包括標簽規定。用馬來西亞語標出以下內容：原產地、商品說明、重量、保存期、進口商的姓名和通訊地址。香煙的包裝必須用馬亞西亞語印上清晰的損害健康類的警語。
　　
3. 對未領取貨物的處理。
　　
買主未按期限提取的貨物可以在海關倉庫中保留21天。逾期通知收貨人，須在7天內提貨，否則海關將予以拍賣。拍賣所得用于支付報關費、倉儲費和其他所有費用。空運貨物必須在72小時內領取，否則將處以高額的倉儲罰金。該貨物若3個月后仍未領取，將被退回。

自由港及其管理制度
　　
馬來西亞的自由貿易區主要集中在西海岸一帶海陸交通比較發達的地方，著名的貿易區有檳榔嶼、雙溪瓦伊、巴都倫丹、丹戎克靈、拉布安、普賴、烏盧克朗、帕西古當、柔佛港、近打、賓圖盧等。這些貿易區大都有以下兩個特點：1. 發展速度快。現已建成了18個貿易區。馬來西亞已成為目前世界上設立自由貿易區速度最快、數量最多的發展中國家之一。2. 自由貿易區外設立特許制造業倉庫，目的是讓投資者在那些不可能或不適應設立出口工業加工區的地方設立工廠，用于生產出口工業制品。特許制造業倉庫的經營方式和所提供的關稅優惠待遇，與自由貿易區一樣。絕大多數享有特許制造業優惠待遇的企業集中在森美點的塞納旺、吉打州的知干岑和柔佛州的工業區。