CEPA的第一個基本目標是，逐步減少或取消雙方之間所有貨物的關稅和非關稅壁壘。按規定，從2004年起，內地對273個稅目的原產香港商品取消關稅和非關稅壁壘，對其他原產香港商品不遲于2006年1月1日實施零關稅。
對內地的制造業而言，CEPA影響比WTO還要大。內地對WTO的承諾只是降低有關產品的關稅水平，而對CEPA的承諾則是給予有關產品零關稅待遇。香港產品以零關稅進入內地市場，對香港的制造業發展意義重大，對內地的制造業將產生深刻影響。隨著CEPA的落實，兩地在制造業方面的合作將可能呈現新的局面。
（1）內地制造業面臨新機遇
兩地高新技術產業合作的新契機
CEPA將可能促使香港出現再次工業化，與以往不同，這次工業化將主要是高技術含量、高附加值產業的發展。CEPA所蘊藏市場機會將使一些歐美國家高技術產業投資香港，給香港高新技術產業發展增添了新的動力。
歐美國家對中國內地有技術出口限制，因此部分企業會把某些技術投資于香港，然后借助CEPA把產品銷往中國內地，獲取市場收益。這些將可能促使香港發展出一個具有相當規模的高技術含量、高附加值產業，這將為兩地在高新技術產業領域展開合作創造條件。
制造業整體提升
CEPA為香港專業服務進軍內地市場開辟了道路，使香港服務業與內地制造業的合作進入新階段。香港高品質的服務業，特別是管理咨詢、會計審計、國際市場開拓方面的專業服務，正是內地制造業所急需的，它們的進入，將可能改造和提高內地制造業的素質，提高內地企業的國際形象，增強其市場競爭力，促進內地產品更為有效地進軍國際市場。
加強合作與分工
CEPA為兩地在制造業領域展開強強合作創造了條件。香港可能在數字技術、納米技術、軟件業和生物制藥等領域有所發展，建立起以掌握核心技術的高技術產業和高附加值的傳統制造業為特色的產業結構。內地可在多年來形成的加工貿易業發展基礎上，建立起以一般制造業和廣泛領域的高新技術產業為基礎的制造業體系。
兩地在制造業領域分別高度發展，又有較為細致的產業內分工，整合資源，形成在吸引人才、資金上的優勢，合作開展最前沿的技術研發工作，形成強強合作的局面，促進兩地在制造業發展上更上一層樓，加大兩地的經濟融合。
優化營商環境
CEPA可能導致部分港資企業有回流的愿望，而這一愿望歸根結底還是源于關稅取消所帶來利潤增長。如果在內地的港資制造業企業的營商環境進一步優化，企業的營商成本得到降低，所產生的利潤增長作用就對CEPA相關效應有替代作用，起到穩定港資企業繼續留在深圳發展的效果。
內地可以運用傳統的降低企業勞動力成本、土地成本的手段和運用改善交通條件，加強知識產權保護，改進政府服務等新的手段，來改善企業營商環境，達到促使港資企業在內地穩步發展的目標。
打造自有品牌
CEPA對深圳制造業形成沖擊，在很大程度上要歸因于“香港制造”有較強的產地優勢，歸因于深圳與香港在營商環境上的差距。內地為實現制造業的長足發展，就要進一步優化營商環境，從根本上提高經濟質素和競爭力。
內地要對照香港的經濟環境，建設良好的社會主義市場經濟環境，努力打造出能與“香港制造”產地品牌良性競爭的，具有較高信譽度的“中國制造”產地品牌。“中國制造”產地品牌的形成，將不僅會提升內地制造業的發展水平，而且會促進兩地經濟融合和共同發展。
（2）制造業將呈新格局香港制造業大擴張
據香港特區政府測算，273個稅目的原產香港商品以零關稅進入內地市場，將直接為香港產品節省7.5億港元的關稅支出，而以后的零關稅安排將使90％的香港產品受益，按2002年香港出口到內地的產品總值420億港元，平均關稅9％為基數計算，零關稅將為香港制造業減少關稅開支約40億港元。
CEPA所規定的“零關稅”將推動整個香港制造產業的迅速擴張，促使制造業在香港產業體系中地位大幅度提高。目前香港制造業占國內生產總值的比重不到10％，與新加坡、臺灣、瑞士等小型經濟體系的30％以上相比，還有很大的上升空間。香港特區政府可能會借CEPA的機會，調整產業政策，對制造業給予一些具體的稅費等方面的支持，香港制造業發展可能出現一種新的狀態。
部分港企可能回流
CEPA為許多原產香港商品進入內地市場消除了關稅阻礙，從而使原產香港商品的產地優勢和市場環境優勢凸顯出來，進而可能引發部分港資企業或企業生產工序回流。
鐘表、珠寶等高附加值產業的產品，內地市場的進口關稅都很高，零關稅給這類產品帶來的收益比較大，同時這些產業在內地生產的勞動力、廠房等成本節約意義不大，此類產業的部分港資企業可能回流搬遷；服裝業，“香港制造”的產地品牌優勢可以使其獲得較大的提價空間，同時香港在工人技術和產地品牌存在一定的優勢，一些港資企業的研發、設計、推廣類高附加值的生產工序回流香港也可能有所得益。
但制造業企業的最終利潤要取決多方面因素。目前香港一般工人工資和廠房租金數倍高于內地，對于占絕大多數的勞動密集型和廠房用地需求量大的港資企業，這些都可能抵消CEPA對回流港資企業的收益影響，構成港資企業回流的阻滯力量。
引資難度加大
CEPA將促使中國制造業發展出現新的格局，導致內地在吸引外資上可能要面對來自香港和內地其他地區更為激烈的競爭，內地制造業招商引資的難度將有所加大。
CEPA的落實，將會使香港產品內地產品有同樣的內地市場機會，促使香港對某些新的制造業投資，特別是對經濟環境要求高的高新技術產業投資，吸引力增強，從而促使香港成為內地的有力競爭對手。
同時，CEPA將可能改變許多加工貿易類投資的性質，這類企業的產品不再是“兩頭在外”，可以面向國內與國際兩種市場了，這樣將可能使一些投資轉向勞動力與土地成本更低、市場腹地不同的內地其他地區，特別是長三角地區和中西部地區。
