“CEPA”實施兩年多以來，廣東口岸成為香港CEPA“零關稅”貨物的主要進口地，香港制造業從中受惠，CEPA優化香港產業結構效果逐步顯現。海關總署深圳原產地管理辦公室統計，2006年廣東口岸共進口香港CEPA項下受惠貨物共2.86億美元，稅款優惠2.05億元人民幣。

據了解，經過前兩年的成功運作，零關稅政策已為香港業界廣泛認同與運用，進口商業已熟練掌握海關通關程序，加上第二階段“零關稅”降稅范圍基本涵蓋了現階段香港本土所有產業，2006年，CEPA整體實施開始進入平穩遞增的成熟發展階段。

香港CEPA實施前兩年，受惠進口的基本以“枇杷膏”、服裝和食品等消費型產品為主。隨著降稅范圍的逐步擴大，越來越多的港產原料成為廣東生產制造業的穩定供應源，粵港兩地資源得以進一步優化配置，融合程度日益加深。據統計，廣東口岸2006年共進口香港CEPA項下進口塑料原料同比增長82.3％；棉紡織原料同比增長了1.87倍。據分析，從實施之初以枇杷膏等中成藥產品進口為主，到2006年機械產品開始受惠進口，說明CEPA實施兩年多之后，其促進香港產業結構調整和優化的作用取得了實質性的成效。