中華人民共和國三明海關（以下簡稱三明海關）1993年7月18日正式開關，隸屬福州海關。關區與三明市行政區劃面積相同。負責辦理關區內進出口貨物監管、征收關稅、查緝走私、編制海關統計等海關業務。

經2000年海關機構改革后，三明海關設辦公室、通關科、調查科三個科室。

辦公室負責內外協調；內部行政事務管理；業務單證管理。

通關科負責進出口貨物監管、征稅和統計工作。辦理進出口貨物報關、轉關運輸、加工貿易、征稅及減免稅等海關手續。

調查科負責查緝走私、稽查、企業管理等工作。辦理企業登記注冊、企業年檢、異地報備、電子口岸等海關手續。

三明海關成立以來，認真執行黨和國家方針政策，落實 “依法行政、為國把關、服務經濟、促進發展”的海關方針，努力為三明外向型經濟服務。到2002年8月，三明關區有海關年審合格外向型企業123家，辦理了電子口岸手續87家。開通了與馬尾、廈門、深圳等口岸的轉關運輸出口業務。三明海關將繼續在把握“把關”與“服務”平衡點的同時，依法行政，為國把關，服務地方經濟，努力為三明外貿出口發展做出更大貢獻。