一九九三年八月二十日，杭州
海關與金華市政府簽訂協議，金華市政府設立了海關籌建辦。一九九五年五月十二日國務院正式批準設立金華海關。同年十一月杭州海關設立了金華海關籌備處，十二月三日下午派人進駐金華，開始海關籌備工作。經過一段時間的籌備，經海關總署批準，于一九九六年九月廿四日開關。一九九七年六月十六日正式對外開辦業務。金華海關關區范圍為金華、衢州兩市的全部行政區域。
金華海關為杭州海關隸屬單位，內設機構：辦公室、綜合業務科、監管科、加工貿易監管科、調查科、人教科，下轄金華海關駐義烏辦事處（副處級）,業務管轄范圍為義烏市、東陽市、浦江縣和磐安縣
